ระหว่างวันที่ ๑-๕ ตุลาคม  ๒๕๕๐ ผู้บริหารมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ที่ผ่านการอบรมหลักสูตรผู้บริหารการเปลี่ยนแปลง ได้เดินทางไปศึกษาดูงานการบริหารมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาในประเทศญี่ปุ่น โดยการนำของพระธรรมโกศาจารย์ อธิการบดี รวมทั้งสิ้นจำนวน ๖๑ รูป/คน ได้เข้าเยี่ยมชมและดูบรรยายทางวิชาการของมหาวิทยาลัยฮานาโซโน่ ก่อตั้งขึ้นวัดเมียวชินจิ นิกายเซน มหาวิทยาลัยบุคเคียว ก่อตั้งโดยพระสงฆ์นิกายโจโด(สุขาวดี) เพื่อสืบทอดเจตนารมณ์ของท่านโฮเนน มหาวิทยาลัยโอตานี่ ก่อตั้งโดยพระสงฆ์นิกายโจโดชิน เพื่อสืบทอดเจตนารมณ์ของท่านชิรัน และมหาวิทยาลัยเรียวโกกุ ทั้งหมดเป็นมหาวิทยาลัยที่ตั้งขึ้นมาโดยผู้นำของนิกายในพระพุทธศาสนา มีการเรียนการสอนวิชาพระพุทธศาสนาอย่างเป็นระบบ ได้มีการแลกเปลี่ยนความรู้ประสบการณ์ในการบริหารมหาวิทยาลัย ทำความคุ้นเคยกันเพื่อสร้างเครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการด้านพระพุทธศาสนาในอนาคต เยี่ยมชมห้องสมุดของแต่ละมหาวิทยาลัย การศึกษาดูงาน การบริหารมหาวิทยาลัยในญี่ปุ่นครั้งนี้ ก่อให้เกิดความรู้ สร้างมุมมองและโลกทัศน์อย่างมาก โดยเฉพาะมหาวิทยาลัยที่ผู้บริหาร มจร ได้เข้าเยี่ยมชมนั้น เป็นมหาวิทยาลัยที่บริหารโดยพระสงฆ์เป็นส่วนมาก แต่เปิดรับคฤหัสถ์ชายหญิงเข้าศึกษา มีนิสิตจำนวนมาก ทำให้เกิดแนวคิดว่า ถ้ามีการการบริหารจัดการมหาวิทยาลัยอย่างมีประสิทธิภาพ ทุกคนย่อมประสงค์ที่จะมาสมัครเข้าเรียน โดยไม่ได้คำนึงว่าเป็นมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนา หรือมหาวิทยาลัยทั่วไป
           นอกจากการเข้าเยี่ยมกิจการของมหาวิทยาลัยต่างๆ ดังที่กล่าวมาแล้ว ผู้บริหารของ มจร ยังได้เข้าเยี่ยมชมวัดเมียวชินจิ ซึ่งเป็นสำนักงานใหญ่ของพระพุทธศาสนานิกายเซนในกรุงเกียวโต เข้าเยี่ยมชมวัดเอ็ดเรียวกุจิ ตั้งอยู่บนภูเขาฮิเออิ เป็นศูนย์กลางการเผยแผ่พระพุทธศาสนาในญี่ปุ่นในยุคแรกๆ เป็นวัดที่ก่อตั้งโดยท่านโซโจ ผู้ก่อนตั้งนิกายเท็นได ในญี่ปุ่น ยูเนสโกขึ้นทะเบียนเป็นมรดกโลก เข้าเยี่ยมชมวัดคินคากุจิ ซึ่งยูเนสโกขึ้นทะเบียนเป็นมรดกโลกเช่นกัน