ปีพ.ศ. 2512 มหาเถรสมาคม ประกาศให้การศึกษาของทั้งสองมหาวิทยาลัยสงฆ์ เป็นการศึกษาของคณะสงฆ์

พ.ศ.2527 รัฐบาลประกาศรับรองปริญญาบัตร แต่ไม่รับรองสถานะของมหาวิทยาลัย

พ.ศ. 2540 รัฐบาลสมัยพล.อ.ชวลิต ยงใจยุทธ ได้ออกพระราชบัญญัติให้มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐและเป็นนิติบุคคล สิ้นสุดการต่อสู้อันยาวนานเพื่อให้รัฐรับรองสถานะของมหาวิทยาลัย

สถานการณ์ปัจจุบันมหาวิทยาลัยทั่วโลกต่างได้รับผลกระทบไม่มากก็น้อยในหลากหลายปัจจัยที่แตกต่างกันออกไป ในส่วนของมหาวิทยาลัยสงฆ์ก็ย่อมหนีไม่พ้นกฎเกณฑ์ในข้อนี้

มหาวิทยาลัยสงฆ์จะปรับตัวอย่างไร จะเดินหน้าแบบใหน จึงจะยังคงคุณค่าและรักษาสถานะให้มั่นคงไว้ได้ เพราะปัญหาต่างๆนั้นมีมากมาย ให้บริหาร จัดการ เช่น

1. ประชากรลดลง ปัจจุบันประชากรทั้งในประเทศและทั่วโลกต่างลดลงตามลำดับ คนชรามีมากขึ้น ศาสนทายาทหายากขึ้นทุกที นั่นย่อมหมายถึงจำนวนผู้เรียนจะหายากขึ้นทั้งบรรพชิตและคฤหัสถ์

2. โลกยุคโควิด-19 เปลี่ยนไป ทำให้วิถีแห่งการเรียน การสอน ถูกปรับเปลี่ยนไปด้วย นิสิต นักศึกษานั่งนอนอยู่บ้านแต่สามารถพบศาสตราจารย์ชั้นนำในมหาวิทยาลัยชื่อดังทั่วโลก แปลว่า คู่แข่งขยายวงกว้างมากขึ้น แนวรบทางด้านนี้เพิ่มมากขึ้น

3. รายได้จากรัฐลดลง เฉพาะในเมืองไทยชัดเจนว่ามหาวิทยาลัยที่ขอรับงบประมาณจากรัฐ จะมีสัดส่วนที่จะต้องถูกลดงบประมาณลงมีความเป็นไปได้สูง

4. รายได้ในส่วนของมหาวิทยาลัยถดถอย แน่นอนเมื่อผู้เรียนลดลง การแข่งขันมากขึ้น เศรษฐกิจฝืดเคือง รายได้จากการจัดเก็บ การบริจาค และผลประโยชน์อื่นไดก็ย่อมได้รับผลกระทบไปด้วยเข่นกัน

5.แบกรับภาระเพิ่มมากขึ้น ทั้งภาระค่าใช้จ่ายของมหาวิทยาลัย ทั้งภาระคือความคาดหวังจากภาครัฐและคนทั่วไปในด้านศักยภาพ การบริการและการพัฒนา

6.ลูกผสมมีมากขึ้น แต่เดิมมหาวิทยาลัยสงฆ์สองแห่งมีเฉพาะพระสงฆ์สามเณรเท่านั้นที่มาศึกษาเล่าเรียน ส่วนผู้บริหารนั้นส่วนใหญ่จะเป็นพระสงฆ์ ปัจจุบันนิสิต นักศึกษา มีทั้งบรรพชิตและคฤหัสถ์ หลากหลายทั้งเพศ อายุ ความเชื่อและการแสดงออก

ในฝ่ายบริหารมหาวิทยาลัยนั้นก็เช่นกัน มีทั้งบรรพชิตและคฤหัสถ์ เดิมนั้นทั้งสองแห่งเป็นการบริหารแบบครอบครัว คือจบ พธ.บ. มาบริหารมหาจุฬาฯ จบ ศน.บ.มาบริหารมหามกุฏ ปัจจุบันมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งมีบุคคลากรที่จบมาจากสถาบันอื่นๆมาอยู่ในองค์กรและรวมทั้งเป็นผู้บริหารในสัดส่วนที่มีมากขึ้น เมื่อเป็นลูกผสมก็จำต้องระมัดระวังในเรื่องผลประโยชน์ ทิศทางในการดำรงสถานะของความเป็นมหาวิทยาลัยสงฆ์ รวมทั้งเรื่องของความสามัคคีด้วย

7.เทคโนโลยีสารสนเทศ แน่นอนวันนี้มหาวิทยาลัยสงฆ์ก็ต้องวิ่งแข่งขันในเรื่องเทคโนโลยีสารสนเทศด้วย แต่ก็เนื่องด้วยงบประมาณที่ได้รับค่อนข้างจำกัด รายได้ในส่วนของมหาวิทยาลัยก็มีไม่มากนัก จะประยุกต์ใช้อย่างไรให้มีประสิทธิภาพจะตอบสนองผู้เรียนอย่างไรให้พึงพอใจและจะวิ่งแข่งกับมหาวิทยาลัยอื่นๆอย่างไร

8.งานวิจัย เรื่องวิจัยเป็นเรื่องใหญ่ เรื่องสำคัญสำหรับมหาวิทยาลัยในทั่วโลก แต่สำหรับมหาวิทยาลัยสงฆ์จะมีทิศทางในการวิจัยอย่างไร เช่นการผลิตนักวิจัยอย่างมืออาชีพ การวิจัยทางพระพุทธศาสนาเพื่อตอบโจทย์สังคมปัจจุบัน เป็นต้น

9.นวัตกรรม จะกำหนดทิศทางในการสร้างสรรค์สิ่งใหม่ๆโดยเฉพาะนวัตกรรมด้านพระพุทธศาสนาเพื่อสนองตอบสังคมอย่างไร รวมทั้งกระบวนการเปลี่ยนแนวคิดของผู้คนทั้งสองมหาวิทยาลัยสงฆ์ให้เดินก้าวไปด้วยกัน หายใจเป็นจังหวะเดียวกันและมีเป้าหมายที่ตรงกันอย่างไร

10. แหล่งผลิตและศูนย์รวมแห่งศีลธรรม ในฐานะมหาวิทยาลัยสงฆ์จะต้องชัดและประจักษ์ในเรื่องศีลธรรม ทั้งในทางการบริหาร บุคลากร และบัณฑิตที่ผลิตออกไปสู่สังคม รวมทั้งที่ว่า คิดอะไร สนใจแบบใหน ในทุกหลักสูตร ทั้งระดับประกาศนียบัตร เกียรติบัตร การฝึกฝนอบรม การเรียนการสอนทั้งระยะสั้น ระยะกลาง ระยะยาว หรือจะต้องการเรียนหลักสูตรอย่าง วปอ. สถาบันพระปกเกล้า ในด้านที่เกี่ยวกับศีลธรรม หรือในเรื่องบุญในเรื่องกุศล ผู้คนจะต้องคิดถึงสองมหาวิทยาลัยสงฆ์นี้เท่านั้น

11. มหาวิทยาลัยเปิดกว้าง ขณะนี้มหาวิทยาลัยชื่อดังทั่วโลกกำลังปรับเปลี่ยนเป็นมหาวิทยาลัยแห่งเรียนรู้ตลอดชีวิต มหาวิทยาลัยสงฆ์จะ Block Course ต่อไปคงลำบาก จะต้องขยับเรื่องนี้อย่างเป็นจริงเป็นจังเพื่อความอยู่รอด

12. ความสัมพันธ์กับคณะสงฆ์ มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งนั้นผู้บริหารจะต้องเปรียบประหนึ่งว่าเป็นผู้แทนของคณะสงฆ์ในการเข้ามาบริหารการศึกษาในส่วนนี้ ขณะเดียวกันคณะสงฆ์ เจ้าคณะผู้ปกครองก็ต้องคิดเช่นเดียวกัน และควรให้การสนับสนุนส่งเสริมเพื่อพระราชปณิธานของล้นเกล้าฯรัชกาลที่ 5 จะบรรลุผล

13. เป็นตัวแทนคณะสงฆ์ในทั่วโลก วันนี้ในทั่วโลกมีทั้งคณะสงฆ์ฝ่ายเถรวาทและมหายาน ทั้งในประเทศเพื่อนบ้านและห่างไกลออกไป มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งจะต้องสัมพันธ์ เชื่อมโยง และถูกไว้วางใจเพื่อเป็นตัวแทนในการจัดการศึกษาในฐานะมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาโลกของคณะสงฆ์ทั้งสองนิกายใหญ่ เพื่อขยายมหาวิทยาลัยให้เป็นสากลมากขึ้น

มหาวิทยาลัยสงฆ์ยุคเริ่มแรกนั้น อยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์ของรัชกาลที่ 5 แต่เมื่อพระองค์เสด็จสวรรคต ดูเหมือนมหาวิทยาลัยสงฆ์จะตกอบ ไม่มีอนาคตและหาผู้สืบทอดยาก เมื่อตกมาถึงยุคที่เริ่มมีการเรียนการสอนผู้บริหารต้องต่อสู้ด้วยมือเปล่าและเสียสละท่านต่อสู้เพื่อให้ได้รับการ “ยอมรับ”ทั้งในทางนิตินัยและพฤตินัย
ปัจจุบันมหาวิทยาลัยสงฆ์เมื่อมีสถานะต่างๆที่พึงมีพึงได้แล้วก็ต้องต่อสู้กับตัวเองให้มากขึ้น การพัฒนามหาวิทยาลัย การพัฒนาบุคคลากรเพื่อให้ถูกทิศถูกทางและในขณะเดียวกันต้องสนองตอบสังคมเทคโนโลยีให้ได้ประสิทธิภาพขั้นสูง

ในส่วนของเป้าหมายนั้นแน่นอนว่ามหาวิทยาลัยจะต้องมีอะไรอีกหลายอย่างรวมทั้งเป้าหมายคือพันธกิจและวิสัยทัศน์ให้จัดเจน จับต้องใด้และก็เดินไปให้ถึงภายในระยะเวลาที่กำหนดและทันท่วงที